Die kurze Antwort lautet: Nein, das müssen Sie nicht. Seit der Einführung der elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmale (ELStAM) läuft der Datenaustausch bezüglich der Kirchensteuer vollautomatisch.
Sobald Sie Ihren Kirchenaustritt beim zuständigen Amtsgericht oder Standesamt erklärt haben, meldet die Behörde den Austritt an das zuständige Einwohnermeldeamt. Das Einwohnermeldeamt wiederum leitet die Information elektronisch an das Bundeszentralamt für Steuern (BZSt) weiter.
Ihr Arbeitgeber ruft einmal im Monat – meist vor der Gehaltsabrechnung – automatisch die elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmale (ELStAM) ab. Sobald dort das Feld "Kirchensteuermerkmal" leer ist (bzw. ein Strich statt z.B. "ev" oder "rk" eingetragen ist), wird automatisch keine Kirchensteuer mehr vom Bruttogehalt abgezogen.
Auch wenn der Prozess automatisch abläuft, dauert es oft 1-2 Monate, bis die Änderung in der Gehaltsabrechnung sichtbar wird. Sollte Ihr Arbeitgeber fälschlicherweise weiterhin Kirchensteuer abführen, können Sie ihm die amtliche Austrittsbescheinigung (die Sie auf dem Amt bekommen) in Kopie als Nachweis vorlegen.